VAEAG: Vaccine Adverse Events Associate with Gene

Record Information
Record ID	52
Pubmed ID	28855356
SNP
Gene ID	965
Protein ID	P19256
Vaccine Adverse Events	injection-site reaction, flu-like symptoms, fever, diarrhea
Vaccine	Poxviral TRICOM-Based Vaccine
Gene Name	CD58
Official Symbol	CD58 molecule [Homo sapiens (human)]
Aliases	LFA-3, LFA3, ag3
Other Designations	lymphocyte function-associated antigen 3; CD58 antigen, (lymphocyte function-associated antigen 3); surface glycoprotein LFA-3
Chromosome	1
Location	1p13.1
Annotation	Chromosome 1 NC_000001.11 (116514534..116571026, complement)
MIM	153420
DNA Sequence	>NC_000001.11:116514534-116571026 Homo sapiens chromosome 1, GRCh38.p14 Primary Assembly TCACTTGTGTACATATTTACATTTATTTACAAAAGTATCTACATCATCAGTAAAAACAATTTACTGACAA AAAAAGCAAGCACCTAGTCATATAATAAGTTGATGACAGCCAAAACTAATGCTTGTTCTTTGTTAGTGGG TATTTCTTCTTAAAGCAGCTGCTTCAAGTTACATTTCCAACAGTTGTTCAAAAATTGTAATACTCAAATG AGAAATCAGATGGCTTTTTAGTTTTTAAAATAATTTAGTTATGCTGTTGTCTTCATCTTCTGTTACCAAT CAATTGGAGCTACAAAAAAAAATCATATTATTAACTTGTAAAATGCAGTAAATCTGGGCTGCAGACCAGG AGTCTTAATTACCCTCCTATTCTAAAGTGAATAGCCCTTTTGTAATAAACTCATCAAAGCCAAGGGAGCT AGGGAGCAGGGATGGAGGAAGAACTGCCTTGAGTGCTCTTGGGATAGTAGTCTGAGTAACACTTGAAGAA CAGCCTTCAGGATGCTGCACTCAATAGCAGCCCCAAGGCTCCTCCCGCTTACTCTCTGAGTATAACTGAA AGATTGAACAACAGAGCTGAGACTGTTAGACCCACATGTAAACTGTCACCCATTTGTAACAGCTACTTCC TTCTTTGCTACATGAAACTCCTGGGGATGGTTTTCTTCCTACCTCAAACTTACCTTCCTGTTTAGTCACC TCTGTGGCAACGACAGAACAATCTCTGGCTGTCTTGGAGTAAATCAGCCGAAAAACAAAACCGCATCCTT GAGCAAGCCCTCAAACCGAGTCCATTTCCCGGCCTCCTCCCCCGTGGTCTGCGTATTTCCACAGAGCTCA 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AGAGCAGAAGAGGCAGAAGAACTAAGCAGCAAGATTATTAGTGTTAGAAGTATCAGGGTGAACTCCTGAC TTTGTAAAAACTCTATTTCTTAACTTTGAAAACTGACAAGGCTGAGAAGCAATGACTCTGGTACCTGTGG GCACACTTTGCACCCAGAACTTGATTTCTAAATACCATCTCTCACTAAAAGAAACCAGGGAACCTAATGA TTCGAAGGCTGAGGCAGGAACACTACAAGATGAGTCCAGAACATCTTTCTGTGCCAGAAAGTAAGGAAGT GTTTAAAATCAAACAGGAACAAACAGAGCAAAAGGACTCTGAAGCTTGAAGGTGTTCCCACTTGTCAAAT GTGGGGTTGCCGAGCATCAAAATGGATGACAGGAATGCCATATTTAAAAAAGAATCCATGAGTCCACATA ACCTTCTAAAATAAAAGAAAAAAAGGGAGGATGTGTGTGCAAAAGCTATCCATTACTGAACAATGTAAAC TAATAAATATATATATAGAGAGAAACAGAAGAGAAAATTGCTGGGTGGCTCATGCCTATAATCCCGACAC TTTGGGAAACTGACTTGGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATGGCAAAA CCCCGTCTCTATAAAAAATACAAAAAAATTAGGTGGACGTGAAGGCATGTCCCTGTAGTCCCAGCTATTT GGAAACTGAGGTGGGAGGATCGCTTGAGTCTGGGAGATCAAGGCTGCAGTGAGCCATAATTGTGTCACTA TACTCTAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTGTGTCTCAAAAGAAAAGAGAAAAGGCAATGAAACAAAGAAG GAAAGAAGGGAAGGGAAGGGAAGGGAAGGGAAGGGACAGGAAGGGAGGGGGAGGGGAGGGAAAGGGAGGG GAGGGGAGGGAGGGAGGGGAGGGGAGAGAGGAAGGATGGAAGGAAGGGAGGGAGGGAGAAGAAAGGGACA 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ATGGTAGTCCACCCTGGCCTTCTGGCCTCCCTGCCTCCAATTCCTCCTGACTGCAGCCTTCCTCTTTGTT GCTAACAGATTCTTCTTCCCAGGCGCATGGTCCTGATCCTGTAAGGCCCAGGAGAAGCTCTCTCAGCTCA GAGAATCCAGACTCCCTAAGGGGACACTCAGCAATCTTTTCCCACATTATCACATGTCCACACATCACCA GTCCTTGAAGGCTGGGCTCAAATATCCTCCCTCCCATGAAGACTGCTTCACAAAAGACACTTGATTTCAC AAAAGAGACTGCCTTCTTCTTCCCTCTGTACCCTCACAGCTCACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAG ACAGGTCATATTCTGTCACCCAGGCTGGAGTTCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCATCCTCTGCCTCC GGGACTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTTCCGAGTAGCTGGGACTATAGGTATGCGCCACCACGCTCA GCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGCCGATCTTTCACCGTGTTGGCCCTGCTGGTCTCCGATTCCTGGCC TCAAGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATGACAGGTGTAAGCCACCACGCCCAGCCCA GGCCTCTTACAACACTGACTTATCTGATCGTGCGGGTACTTTTGAGTCTATCTCAACCCCTCCCCCTTGG CTGTCTTCCATAGATGCACACGCGCACCTCCCGGGCAGGCAGCGGACGCTGAGCAAACGGACGGACGGGC TGGAGGGCTGGCAGTGGGGTGCAGGAGCCAGCCATGAGAACCCCTCAAGTACAGTTGAACTCGCTGGGAG GTTACTGCTGTACTCCCGGGGTTTTGCTATGGCCTGACTGGGGCCAATGTGTGGAGGGTGAAGGAGGATG GGGAGGCAAAATGGGAAGAAGGGGACCTATTTCCTGAGGTTGTTGTGACGACTTGGCTGACAACACACGG AGAGGATGGAACCAGTTCTGATACTAGTTTTTAGGATTTGAGGGGAGGAAAAAGGAGCAGGAGTCGCACC ACTTAGGAATCCCAACGTGAGGCCGCTGCCGACTGGGCTTCCTAGTTGCCTACCCGCTCCTCGCTGTGGG GCGATTCTGAAAAGTCCTCTCTGCTGATACGGCGGACGCCGCGCGGGCGGGGACGGCACCGCGCGGGGAG GGCAGCAGGCGTCGCCCTCGAGCAGGTGGCATCCGCGCCCGCTCCCCGTCCCGGGCGCGTTCACGGCTGG GAAAAATTTTGCAGTCCGCTGAAGCGCTCAGCGACGTTACTGGGGAAGCCCAGGAAGGAACTTGGTCACT GGAGCTCGGGAGGGGGCCGGCGGGGGGGCGCAGGCCCCGCAGGAGAGGCTAGCGGGCCGGAGCCCGTCCT TCCCTAAGGCCACACAGTTCCTTGCTGACTCCATGAGGGACACTGGCGATGAAATAACAACTTTCTCTTC CTGAAAAGGCTCCCACGGCTGAGTTGTTCCCGGCCCACAGCGACCCGTCCCCACCCGTCTCTGATCGGCA ACCGCCTCGAGCCCGGCGCGTCCACCCAGCCTGGGTGCTGCCCAGTACCCGCCGGCCGGCGCGGGGCCCC TGGGGCAGGCTTCACTCACCAAAGCAGTGCAGCAGGCAGACCACGCTGAGGACCCCCAGGGCCCGCCCCG CGTCGCTCCCAGCAACCATGGCTCGTCGGGCCGGCCTCTGCGCGAGTGCCCAGCCACAAGCAGCCCTAAG TTC
Protein Name	LFA3_HUMAN
Length	250
Moltype	AA
Topology	linear
Division	PRI
Update Date	12-OCT-2022
Create Date	01-NOV-1990
Definition	RecName: Full=Lymphocyte function-associated antigen 3; Short=Ag3; AltName: Full=Surface glycoprotein LFA-3; AltName: CD_antigen=CD58; Flags: Precursor
Primary Accession	P19256
Accession Version	P19256.1
Other SeqIDs	sp\|P19256.1\|LFA3_HUMAN,gi\|126225
Organism	Homo sapiens
Taxonomy	Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo
Comment	On or before Feb 9, 2010 this sequence version replaced gi:74746712, gi:74757686, gi:88110.; [FUNCTION] Ligand of the T-lymphocyte CD2 glycoprotein. This interaction is important in mediating thymocyte interactions with thymic epithelial cells, antigen-independent and -dependent interactions of T-lymphocytes with target cells and antigen-presenting cells and the T-lymphocyte rosetting with erythrocytes. In addition, the LFA-3/CD2 interaction may prime response by both the CD2+ and LFA-3+ cells.; [SUBUNIT] Interacts with CD2 (PubMed:10380930, PubMed:3309127). Interacts with CMTM6 (PubMed:28813417). {ECO:0000269\|PubMed:10380930, ECO:0000269\|PubMed:28813417, ECO:0000269\|PubMed:3309127}.; [SUBUNIT] (Microbial infection) Interacts with human cytomegalovirus protein UL148; this interaction retains immature CD58 intracellularly. {ECO:0000269\|PubMed:29691324}.; [SUBCELLULAR LOCATION] [Isoform 1]: Cell membrane; Single-pass type I membrane protein.; [ALTERNATIVE PRODUCTS] Event=Alternative splicing; Named isoforms=3; Name=1; Synonyms=Long; IsoId=P19256-1; Sequence=Displayed; Name=2; Synonyms=Short; IsoId=P19256-2; Sequence=VSP_002522, VSP_002523; Name=3; IsoId=P19256-3; Sequence=VSP_038693.; [MISCELLANEOUS] [Isoform 2]: May be produced at very low levels due to a premature stop codon in the mRNA, leading to nonsense-mediated mRNA decay. {ECO:0000269\|PubMed:14759258}.
Source Db	UniProtKB: locus LFA3_HUMAN, accession P19256;; class: standard.; extra accessions:A8K7G5,Q5U053,Q6IB65,Q96KI9; created: Nov 1, 1990.; sequence updated: Nov 1, 1990.; annotation updated: Oct 12, 2022.; xrefs: Y00636.1, CAA68668.1, X06296.1, CAA29622.1, Y14780.1, CAA75083.1, Y14781.1, Y14782.1, Y14783.1, Y14784.1, CAA75084.1, Y14785.1, AK291980.1, BAF84669.1, CR456939.1, CAG33220.1, BT019816.1, AAV38619.1, BT019817.1, AAV38620.1, AL390066.5, AL355794.5, CH471122.1, EAW56652.1, EAW56653.1, A28564, NP_001138294.1, NP_001770.1, 1CCZ_A, 1CI5_A, 1QA9_B, 1QA9_D; xrefs (non-sequence databases): CCDS:CCDS44199.1, CCDS:CCDS888.1, PDBsum:1CCZ, PDBsum:1CI5, PDBsum:1QA9, AlphaFoldDB:P19256, SMR:P19256, BioGRID:107403, IntAct:P19256, MINT:P19256, STRING:9606.ENSP00000358501, ChEMBL:CHEMBL3790, GlyConnect:1474, GlyGen:P19256, iPTMnet:P19256, PhosphoSitePlus:P19256, SwissPalm:P19256, BioMuta:CD58, DMDM:126225, EPD:P19256, jPOST:P19256, MassIVE:P19256, MaxQB:P19256, PaxDb:P19256, PeptideAtlas:P19256, PRIDE:P19256, ProteomicsDB:53642, ProteomicsDB:53643, ProteomicsDB:53644, TopDownProteomics:P19256-1, TopDownProteomics:P19256-2, Antibodypedia:20181, DNASU:965, Ensembl:ENST00000369489.10, Ensembl:ENSP00000358501.5, Ensembl:ENSG00000116815.16, Ensembl:ENST00000457047.6, Ensembl:ENSP00000409080.2, Ensembl:ENST00000464088.5, Ensembl:ENSP00000432773.1, GeneID:965, KEGG:hsa:965, MANE-Select:ENST00000369489.10, UCSC:uc001egm.4, CTD:965, DisGeNET:965, GeneCards:CD58, HGNC:1688, HPA:ENSG00000116815, MIM:153420, neXtProt:NX_P19256, OpenTargets:ENSG00000116815, PharmGKB:PA26227, VEuPathDB:HostDB:ENSG00000116815, eggNOG:ENOG502SB68, GeneTree:ENSGT00510000049596, HOGENOM:CLU_1291581_0_0_1, InParanoid:P19256, OMA:DKVIEWE, OrthoDB:801938at2759, PhylomeDB:P19256, TreeFam:TF341787, PathwayCommons:P19256, Reactome:R-HSA-202733, Reactome:R-HSA-6798695, SignaLink:P19256, BioGRID-ORCS:965, ChiTaRS:CD58, EvolutionaryTrace:P19256, GenomeRNAi:965, Pharos:P19256, PRO:PR:P19256, Proteomes:UP000005640, RNAct:P19256, Bgee:ENSG00000116815, ExpressionAtlas:P19256, Genevisible:P19256, GO:0009986, GO:0070062, GO:0101003, GO:0005887, GO:0016020, GO:0005886, GO:0030667, GO:0005102, GO:0098609, GO:0071346, GO:0071356, GO:0034113, GO:0032757, Gene3D:2.60.40.10, InterPro:IPR036179, InterPro:IPR013783, InterPro:IPR015714, PANTHER:PTHR12080:SF91, SUPFAM:SSF48726
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